为了做好企业认定和政策落实工作，新《认定办法》加大了部门合作与政策协调力度。科技部与财政部、国家税务总局建立了联合工作机制，省级科技主管部门与同级财政、税务部门共同进行高新技术企业认定工作，通过这一改革措施，保证认定企业与享受政策同步进行。

在组织管理方面，新《认定办法》设立了”部门决策、地方认定、机构监管”的认定管理工作体系。科技部、财政部、国家税务总局三部门联合成立认定工作领导小组，作为决策层，研究决定高新技术企业认定工作原则，解决科技、财政、税务部门在高新技术企业认定及相关政策落实中出现的重大问题。

认定工作领导小组下设办公室，作为监管层，负责认定工作的备案管理，监督、检查全国高新技术企业认定工作和相关政策的落实情况。省级科技部门与同级财政、税务部门组成高新技术企业认定管理机构，作为认定机构，负责本地区高新技术企业认定工作，并通过会商制度及时解决高新技术企业认定及税收政策落实中出现的有关问题。新《认定办法》还通过公示公告、投诉处理、日常检查等措施加强过程监管，接受社会监督，充分体现了公共政策公开、公平、公正的原则。

原有的高新技术企业认定办法存在一个很大的不足，就是没有规定关键认定指标的测度依据，特别是对研究开发活动一直没有给出评价标准和费用归集标准，致使各地在实际操作时，缺乏统一可测的标准。

为了解决这个问题，新办法经过大量调研，借鉴国际经验（OECD、美国、韩国），结合我国实际，确定了企业研究开发活动界定标准及费用归集标准。同时，对科技人员、研究开发人员、自主知识产权、科技成果转化能力等相应指标也给予了明确说明。

新《认定办法》明确了研究开发等关键认定指标的测度依据，认定标准规范统一，避免了认定工作的随意性。

这里包括了三层含义，一是企业所从事的研究开发和生产经营活动必须符合国家重点支持的产业技术方向，属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；二是具有持续的自主研究开发能力，拥有核心自主知识产权，将成为高新技术企业的必备条件；三是企业的主营业务必须与自身的研究开发与技术成果转化活动密切相关。符合以上特征并达到相应认定指标的企业才能被认定为高新技术企业。

没有开展研究开发活动，单纯从事高新技术产品生产加工的企业，不能被认定为高新技术企业。

近年来，国际科技竞争日益激烈，自主创新能力已成为一个国家的核心竞争力。发达国家凭借强大的技术优势和市场优势，在国际竞争中长期处于垄断地位，我国由于高新技术企业的发展起步较晚，受到外部关键技术封锁和自身创新能力不足的双重制约，企业普遍面临着低端锁定困局。随着经济全球化和我国市场体制的推进，我国已进入必须依靠科技进步和自主创新推动社会经济发展的新时期。坚持走中国特色自主创新道路，努力建设创新型国家，已成为新时期国家发展的重大战略方针。

全国科学技术大会和党的十七大的召开，为我国新时期的发展提出了明确的战略目标，也为我国高新技术企业及其产业的发展提出了新的更高的要求。实践证明，自主创新能力是一个国家长远发展的核心竞争力。自主创新能力是内生的，核心技术是买不来的。我国要在激烈的国际竞争中掌握主动权，就必须提高自主创新能力，加大研究开发投入，在若干重要领域掌握一批核心技术，拥有一批自主知识产权，造就一批具有国际竞争力的企业，大幅度提高国家竞争力。因此，出台符合新形势要求的高新技术企业认定办法及其配套文件势在必行。